Quel est le taux d’incidence dans ma commune ?

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En bref

Le taux d’incidence est un proxy (ou approximation statistique) du nombre de personnes infectées par le COVID-19 au cours d’une période donnée.

J’utilise un code couleur pour afficher la sévérité du taux d’incidence :

  • vert : inférieur à 10
  • orange : entre 10 et 50
  • rouge (alerte) :
    • population générale : entre 50 et 150
    • chez les plus de 65 ans : entre 50 et 100
  • rouge foncé (alerte renforcée) :
    • population générale : entre 150 et 250
    • chez les plus de 65 ans : entre 100 et 200
  • écarlate (alerte maximale) :
    • population générale : entre 250 et 500
    • chez les plus de 65 ans : entre 200 et 400
  • noir :
    • population générale : supérieur à 500
    • chez les plus de 65 ans : supérieur à 400

Comment est calculé le taux d’incidence ?

Le taux d’incidence ti est le nombre de tests positifs au sein d’une population donnée, exprimé en nombre de tests positifs pour 100.000 personnes :

$$ t_i = \frac{T_{pos}}{N} \times 100.000 $$

avec Tpos le nombre de tests positifs et N la population.

Le calcul du taux d’incidence chez les plus de 65 ans ti, 65 est :

$$ t_{i,65} = \frac{T_{pos,65}}{N_{65}} \times 100.000 $$

avec Tpos, 65 le nombre de tests positifs chez les plus de 65 ans et N65 la population des plus de 65 ans.

Toutefois, dans la mesure où une partie des personnes malades ne sont pas testées, le nombre de personnes infectées est généralement plus élevé que ce que mesure le taux d’incidence. Plus la politique de test est importante, moins l’écart entre le taux d’incidence et le nombre de personnes infectées est important. Mais on ne peut qu’estimer la vraie valeur cet écart avec des modèles théoriques, puisque l’on ne connaît pas avec précision le nombre de personnes infectées.

Par ailleurs, plus le nombre de tests réalisés est élevé, plus la probabilité d’identifier des cas et donc d’avoir des tests positifs augmente. Pour cette raison, le taux d’incidence ne dépend pas uniquement du nombre de personnes infectées, mais également du nombre de tests réalisés. Il était par exemple très faible lors de la première vague, mais c’était principalement à cause d’un nombre très limité de tests.

À noter que le taux d’incidence rapporté ici est en moyenne glissante sur sept jours : le taux d’incidence du jour j est en fait la moyenne des taux d’incidence sur les sept derniers jours. Ainsi, le taux d’incidence au jour j t̄i, j est la moyenne des taux d’incidence sur les sept jours ayant précédés j. Le calcul est :

$$ \bar{t}_{i,j} = \frac{1}{7} \sum_{k = 0}^{- 7} \frac{T_{pos, j-k}}{N} \times 100.000, $$

avec Tpos, j − k le nombre de tests positifs en j − k, et k exprimé en jours.

Pour les plus de 65 ans, le calcul du taux d’incidence sur sept jours glissants t̄i, 65, j est :

$$ \bar{t}_{i,65,j} = \frac{1}{7} \sum_{k = 0}^{- 7} \frac{T_{pos,65,j-k}}{N_{65}} \times 100.000, $$

avec Tpos, 65, j − k le nombre de tests positifs chez les plus de 65 ans en j − k.

Commet ai-je construit le code couleur ?

Les couleurs du fond des graphiques et celle des indicateurs de la page d’accueil pour les taux d’incidence reprennent les différents seuils tels que définis par le gouvernement et que j’ai fusionné dans un ensemble unifié.

La première échelle de seuils est utilisée lorsque l’épidémie est en faible intensité. Cette échelle est centrée sur des taux d’incidence de 10 et de 50 (source).

La seconde échelle de seuils, définie à la fin du mois de septembre, est utilisée lorsque l’épidémie est en phase de reprise majeure. Elle est centrée autour de trois niveaux d’alerte (alerte, alerte renforcée, alerte maximale) avec des taux d’incidence supérieurs à 50 (source).

J’ai enfin ajouté un seuil lorsque le taux d’incidence dépasse les 500.